Początki archiwum miejskiego w Przemyślu sięgają średniowiecza i wiążą się z lokacją miasta na prawie magdeburskim oraz powstaniem pierwszych organów władzy w mieście: rady i ławy miejskiej. Sam termin – archivum civile (archiwum miejskie) – odnotowano po raz pierwszy w dokumencie z 1635 r. Zachowany z okresu staropolskiego zasób aktowy odzwierciedla burzliwe dzieje miasta oraz dokumentuje zróżnicowany skład wyznaniowy i narodowościowy mieszczan przemyskich. Już w dobie staropolskiej Przemyśl był ważnym ośrodkiem administracji państwowej i kościelnej. Od momentu ostatecznego przyłączenia go do państwa polskiego, co nastąpiło w latach 80-tych XIV w., Przemyśl był stolicą powiatu i ziemi przemyskiej, zaś od XV w. utworzono sądy: grodzki, ziemski oraz podkomorski. W mieście rezydowali również biskupi dwóch diecezji: rzymskokatolickiej i prawosławnej, a po przystąpieniu do Unii brzeskiej w końcu XVII w. – władykę prawosławnego zastąpił unicki. Obaj hierarchowie oraz istniejące w mieście klasztory posiadały swoje odrębne od miejskiego archiwa.

Tworzone w kancelarii staropolskiej dokumenty przechowywano najprawdopodobniej w siedzibie rady miejskiej, która od 1563 r. mieściła się w nowowybudowanym ratuszu. Po I rozbiorze Polski Przemyśl znalazł się pod zaborem austriackim i w 1789 r. otrzymał nowy przywilej miejski, mówiący o zastąpieniu dawnego urzędu radzieckiego i sądu ławniczego nowozorganizowanym magistratem. Zmianie uległa też wówczas organizacja kancelarii. Zaniechano kontynuowania staropolskich ksiąg wpisów, zaś urzędnicy magistratu sporządzili indeksy do ksiąg ławniczych. W wyniku tych działań większość archiwum staropolskiego, z wyjątkiem dyplomów pergaminowych została złożona w jednym z pomieszczeń magistratu i tam też pozostawała po zajęciu budynku przez powstały w 1855 r. Sąd Obwodowy w Przemyślu. Akta miejskie zostały wówczas połączone z sądowymi. Sytuacja taka trwała do 1874 roku, w którym to akta przekazane sądowi zostały zwrócone miastu. Opiekę nad odzyskanym archiwum powierzono, na wniosek burmistrza przemyskiego dr Walerego Waygarta, Mieczysławowi Błażowskiemu, który opracował w latach 1874–1877 „Katalog starożytnego Archiwum Królewskiego Miasta Przemyśla”, stanowiący do dziś źródło cennych informacji o dziejach i zawartości archiwaliów staropolskich.

W czasie I wojny światowej archiwum przemyskie wzbogaciło się o nowe zbiory, gdyż w lipcu 1916 r. powołano Komitet Archiwum Wojennego w Przemyślu, będący delegaturą Polskiego Archiwum Wojennego w Wiedniu. Akcja podjęta przez tą instytucję oraz ówczesnego archiwariusza miejskiego, Tadeusza Troskolańskiego, doprowadziła do zgromadzenia druków, książek, pamiętników, prasy w języku polskim, ukraińskim i niemieckim dotyczących sprawy polskiej w czasie I wojny oraz historii oblężonej twierdzy w Przemyślu.

W 1917 r. Magistrat miasta powierzył opiekę nad Archiwum Towarzystwu Przyjaciół Nauk w Przemyślu, zastrzegł jednak, że archiwum pozostaje własnością miasta i nie może być przeniesione do innego budynku, a także że TPN zorganizuje dwa razy w tygodniu dwugodzinne dyżury, aby udostępnić akta pragnącym z nich skorzystać badaczom. Pierwszą archiwistką z ramienia TPN była dr Maria Polaczkówna. Po jej wyjeździe z Przemyśla Zarząd TPN postanowił powierzyć opiekę nad archiwum miejskim Janowi Smołce. W pierwszej kolejności zajął się on konserwacją akt, a następnie pracami porządkowymi. Uporządkowane przez Smołkę archiwum miejskie otrzymało nowy układ, którego podstawą był katalog Błażowskiego (pominął akta z pierwszej połowy XIX w., które praktycznie były niedostępne dla badaczy). Efektem tych prac był wydany w 1927 r. "Katalog Archiwum Aktów Dawnych Miasta Przemyśla". W 1935 r. TPN przeniosło za zgodą Magistratu Archiwum Aktów dawnych Miasta Przemyśla do pomieszczeń w budynku przy ul. Władycze 7, który otrzymało od miasta. Polepszyło to warunki przechowywania archiwaliów i umożliwiło w większym stopniu jego udostępnienie badaczom miejscowym i przyjezdnym. Wybuch II wojny światowej przerwał działalność TPN, a tym samym doprowadził do powrotu archiwum miejskiego pod opiekę miasta. Archiwum miejskie nie poniosło w czasie działań wojennych w 1939 r. żadnych strat i pozostało w dawnym miejscu przy ul. Władycze 7.